생리장해의 주요 발생 원인으로는 품종 자체의 문제, 근권 환경(온도, 농도, 산도, 용존산소, 수분함량)의 불량, 지상 환경(광, 온도, 탄산가스, 습도, 기류 속도) 불량, 생장성 전환기의 부적합한 초세 관리나 환경 관리 등이 고려된다. 생리장해가 발생하면 뿌리로부터 지상부에 대한 양수분 수송을 위한 흡수 부담을 경감시킬 수 있도록 엽면시비를 행하고 지상부의 적엽, 적과 등을 실시한다. 또한 환경에 의한 스트레스를 피하기 위하여 불량 환경에 대한 보상적 처리를 하여야 하는데 탄산가스 실제 사용, 온도 관리, 환기, 가습 등이 고려된다. 생리장해가 발생하면 반드시 뿌리의 생육량도 크게 저하하게 되므로 근권 온도를 높여주어야 하며, 토양을 적습하게 관리하여 통기성을 높여줌으로써 수분과 용존 산소의 이용 효율을 증대시켜 주어야 한다. 난형 과가 발생하는 조건으로는 충분한 광선과 양수분 그리고 저온 등 3가지 원인으로 밝혀져 있다. 5~6도의 저온 야간 온도가 수일간 계속되면 발생이 많아지는데 야간 온도가 8도 정도로 높아지더라도 주간 기온이 20도 이하가 되어 평균 온도가 저온이 되면 난형과의 발생이 많아진다. 화아가 분화, 발육되는 시기가 저온기인 촉성재배의 중반기, 반촉성재배의 초기에 발생이 많고, 근권 수분이 많게 관리할 경우 장기간에 걸쳐 발생한다. 대책으로는 상기 3가지 발생 원인이 만족하지 않게 어느 한 가지 요인을 변화시키는 것이 필요하다. 이중 광선을 제한할 수는 없기 때문에 양수분의 흡수를 적게 하거나, 온도를 저하하지 않는 방법이 적절한데 일반적으로 육묘 관리에 저온 관리할 경우에 난형과의 발생이 많아지므로 수분 관리를 통하여 양분 흡수를 조절함으로써 난형과의 발생을 예방할 필요가 있다. 공동과는 기본적으로는 종자가 충분히 결실되지 않아서 과피 부위의 발달에 비해 태좌부의 발달이 충분히 이루어지지 못하여 발생하게 된다. 따라서, 공동 과에는 태좌부의 발육 불량에 의한 것과 과 피부의 비대 과잉에 의한 것이 있다. 더욱이 형태적으로 보아 심피수가 적은 것이 발생 정도가 크다. 우선 태좌부의 발달이 불량해지는 조건으로는 화분은 정상이지만 저온이나 기타 원인에 의하여 개약이 되지 않을 경우, 강광 조건이나 이상 고온에 의한 경우, 호르몬제 처리 등으로 수분 수정이 이루어지지 않은 경우 등이 있다. 또한, 영양 조건이 나빠지고 고온으로 화분의 임성이 저하하는 경우, 특히 호르몬제 처리 시기가 빠른 경우 등이 알려져 있다. 다음으로 과 피부의 발달이 왕성하게 되는 조건으로서는 영양생장을 촉진하는 요인으로 양수분을 과잉 흡수시킨 경우, 일조 부족이나 채광 조건을 불량하게 한 경우, 고온 관리에 의한 탄수화물의 소모 특히, 야간 기온이 높은 경우 등이 있다. 또한, 호르몬제의 고농도 처리나 일 중 처리시 고온이 될 경우에도 공동 과가 발생할 경우가 있는데 이들은 주요인으로 작용하는 것은 아니고 고온이 될 경우에도 공동 과가 발생할 경우가 있는데 이들은 주요인으로 작용하는 것은 아니고 상술한 조건에 부수적으로 작용하는 것이다. 대책으로는 우선, 정상적인 화분을 발육시켜 종자의 임성을 높이는 것이다. 또한, 화분은 충실해져 있더라도 수분이 순조롭지 못한 경우에는 진동 수분, 수정 벌 수분 등에 의해 인공적으로 수정시키는 것이 유효하다. 수분에 의한 정상적인 착과 비대의 가능성이 작어서 착과 호르몬제에 의한 단위 결과를 촉진하는 경우에는 꽃의 발육상태에 보다 주의하여 개화된 것에만 처리하는 것이 중요하다. 재배 환경에 대해서도 주의가 필요한데 채광성을 충분히 확보하고 특히, 시설재배에서는 광선 부족이 발생하지 않게 하여야 한다. 온도를 낮추어 관리하면 공동과의 염려는 없다. 양수분의 공급량을 많게 하면 줄기, 잎 중의 호르몬 함량이 많아지고 공동 과 정도가 높아지기 때문에 양수분도 적량으로 맞추어 줄 필요가 있다. 과피 썪음병으로 불리는 것으로 유관속 및 주변 조직이 갈변되는 갈변 형과 과피나 과 벽이 경화되어 백변하는 형태 두 가지가 있다. 이들은 모두 유사한 발생 조건에 의해 발생하는데 저일조 기간에 유과기를 거친 경우에 많이 발생하며 여기에 덧붙여 바이러스 발생이나 과잉 관수, 질소 다용, 가리 결핍, 붕소 결핍 및 근권의 농도 및 산도가 부적합할 경우가 원인이 되며 시설 내의 탄산가스 농도가 낮고 바람이 없을 경우 또는 주야간 온도 교차가 적을 경우, 고야온일 경우 등의 원인이 복합적으로 관련되어 있다. 대책으로는 작형이나 재배 환경을 고려하여 과피 썪음병과 발생이 적은 품종을 선택하는 것이며, 연작 하우스에서는 일상 재배 관리 특히 비대 관리를 충실하게 행하는 것이다. 토양 재배에서는 연작에 의한 양분의 과, 부족이 체내 양분 불균형을 유발하여 그 결과 과피 썪음병 과를 유발하는 것으로 보고되고 있다. 배꼽썩이 과는 유과시에 석회가 결핍된 경우 결핍 부분의 조직이 물에 젖은 모양으로 부패하는 것이다. 석회는 작물 체내에 충분히 있어도 그 이행 속도가 느리기 때문에 고온에 의해서 촉진되는 왕성한 대사가 이루어질 때는 석회 요구량이 그 왕성한 부분에서 특히 증가하지만 종종 조건에 따라서 보내는지 석회의 절대량이 부족하기 때문에 세포 구성이 필요한 펙틴산 칼슘이 감소하기 때문으로 추정되고 있다. 발생을 조장하는 환경 원인으로는 첫째, 잎 면 주위의 과도한 수분의 증발산에 의해 과실로의 수분 및 석회 흡수가 적어지는 것이 원인이 되며 둘째, 과실에 직달 광이 많아질 경우 과실의 표면 온도가 급상승하면서 과실 꼭지 부위로의 석회 수송률이 적어지는 경우 셋째, 근권의 염류 농도가 높을 경우와 넷째, 근권 온도가 낮을 경우 근호흡 또는 근압이 저하하면서 수분 흡수가 불량해져 상대적으로 석회 유동량이 적어지는데 원인이 있는 것으로 보고되고 있다. 대책으로는 뿌리의 발달을 충분하게 하여 수분 흡수량 특히, 석회 흡수량을 늘리는 것이며, 근권 산도를 pH 6.0~6.5 범위 내로 안정화하는 것이 중요하다. 여름철 재배에서는 기온의 상승과 더불어 식물체의 체온도 증가하게 되므로 체온을 낮출 수 있는 대책을 강구하고 특히, 과실에 직접 직달 광이 닫지 않도록 주의할 필요가 있다.
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